确定子女抚养权是有子女的夫妻离婚时必然要解决的问题。如果男女双方生育了两个孩子，首先由双方协议确定两个孩子的直接抚养方案。民政部门或者法院一般会尊重当事人自己的意愿。
当事人在协议上可以明确两个子女是由一方直接抚养还是由父母双方每人具体直接抚养一个。如果父母双方协商不成，双方均想要孩子或者均不要孩子，法院会根据双方的抚养能力确定孩子最终归谁抚养。如果孩子已经年满十周岁，还需要询问孩子自己的意愿。
现在，法院不会简单粗暴地决定每个父母直接抚养一个孩子，而会根据具体情况、考虑孩子之间的感情培养问题确定是否由一方直接抚养两个孩子。现在法院的判决越来越人性化，也越来越灵活，会考虑到孩子的分离是否会不利于孩子培养兄弟姐妹感情，是否会客观上不利于孩子的情商发展。因此，有条件的情况下，法院也会倾向于一方直接抚养两个孩子，而在支付抚养费用和行使探望权方面给予另一方更为优化的方案。
《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第三条
对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
(3)无其他子女，而另一方有其他子女的；
(4)子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
