员工多次违反劳动纪律被停工检查  但员工未在规定时间内提交检查报告和任何手续未来上班 后公司作旷工扣200元并开除 这样是否合理

根据我国劳动法相关法规规定，第四章工作时间和休息休假：　　第三十六条国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。　　第三十七条对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。　　第三十八条用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。　　第三十九条企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。　　第四十条用人单位在下列节日期间应当依法安排劳动者休假：　　
(一)元旦;　　
(二)春节;　　
(三)国际劳动节;　　
(四)国庆节;　　
(五)法律、法规规定的其他休假节日。　　第四十一条用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时;因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。　　第四十二条有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条的限制：　　
(一)发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的;　　
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的;　　
(三)法律、行政法规规定的其他情形。　　第四十三条用人单位不得违反本法规定延长劳动者的工作时间。　　第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：　　
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;　　
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;　　
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。　　第四十五条国家实行带薪年休假制度。　　劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。

如果用人单位有证据证明员工是严重违反公司的规章制度，并且公司的规章制度的制定是合情、合理、合法的情况下，用人单位是无需向劳动者支付经济补偿金的。
　　《中华人民共和国劳动合同法》
　　第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
　　
　　
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的；
　　
　　
(二)严重违反用人单位的规章制度的；
　　
　　
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
　　
　　
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
　　
　　
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
　　
　　
(六)被依法追究刑事责任的。

员工旷工一般是指未向部门和公司主管领导书面申请并经批准者，或未按规定时间请假，或违反病、事假规定，或违反公司制度中其它有关规定等行为。 　　公司所有的规章制度，都要在合法的前提下制订，但这些规章制度特别象您所列的，涉及到员工利益的规定，必须要经过职代会或职工大会讨论通过，并公告，否则是无效的。
　　依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
　　在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。 　　用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
　　当然，如违法的规章制度，即使这样做了，也是无效的。