我在一家公司实习，结果面试的待遇和后来待遇有差距，我第二天早上发短信公司经理要辞职，他直接说去公司写一份离职报告，然后扣除1000块钱工资，说我没有提前30天申请，是自动离职的。我有权要回那1000块钱吗？

可以通过下列方法解决：
(1).到劳动行政部门举报(通常是劳动管理监察大队。
(2).也可以直接申请仲裁(仲裁费用200-300元，如果你胜了全部由公司负担。
(3).如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。
(4).根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，你可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。(具体法律根据见参考部分)。
在薪资讨要过程中应当注意有关证据具的保留，如劳动合同、工作证(工卡、厂牌、出入证等)、收入证明如工资条、工作证明如考勤表或签到表、派工单等能够证明与用人单位有劳动关系以及收入、工作时间等相关证据。
当然，如果你因为公司没有发放工资而选择辞职更换工作，在不违反法律规定的情况下是允许的，但是一定要符合相关程序，避免使自己产生责任。

劳动法明确规定“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”但是，用人单位在特定的情况下也可以扣除劳动者工资。
1、用人单位不得克扣劳动者工资。
有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
2、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

《劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
　　
（一）因确认劳动关系发生的争议；
　　
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
　　
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
　　
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
　　
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
　　《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
　　《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。