申请办理离婚协议是在哪儿，是镇政府，還是在民政

男方有外遇提出离婚女方不同意，这个问题实际涉及两处法律问题，一是离婚，二是婚内出轨。
离婚问题：
女方如果坚持不肯协议离婚，只能通过法院起诉离婚，诉讼离婚需要有证据证明双方是感情确已破裂，法院才会判决离婚。只要女方不同意，第一次起诉不会判决离婚的，判决后6个月男方才能再次起诉，第二次起诉一般会判决离婚的。一方坚持的话，早晚都会离的，只是时间问题。
出轨问题：
一方出轨，如果有《婚姻法》规定的离婚损害赔偿的情形，可以主张离婚损害赔偿。与他人同居的，但是必须有证据才可以。
涉及出轨的法律条文
通常意义上的出轨，导致感情破裂的，不影响夫妻财产分割，原则上仍然是一人一半。如果长期出轨与人通奸的，可以适当少分。
　　
一、婚姻法规定的有过错，只能是《婚姻法》第46条规定的情形。
即，有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：
　　
（一）重婚的；
　　
（二）有配偶者与他人同居的；
　　
（三）实施家庭暴力的；
　　
（四）虐待、遗弃家庭成员的。
　　仅仅是出轨，而没有上述的4种法定情形，尽管精神上承受了巨大的痛苦，但在离婚时，提出损害赔偿请求，还是无法得到法庭的支持。

内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。中国公民同外国人在中国内地自愿离婚的，内地居民同香港居民、澳门居民、台湾居民、华侨在中国内地自愿离婚的，男女双方应当共同到内地居民常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。

如果双方同意协议离婚，并就财产分割、子女抚养、债务承担问题达成一致协议，可去登记结婚的民政局办理离婚手续，也可去一方户口所在地民政局办理离婚手续。