两个人分居两年了，男方起诉离婚，女方如果不同意，法院会把两个孩子都判给男方吗？

1、女方提出离婚，男方不同意的，女方可以到法院起诉离婚。
2、关于子女抚养问题。首先由双方协商解决，协商不成的，法院会根据双方的经济条件、教育条件等情况综合判断，并作出判断。
3、原则上，二周岁以下的孩子会判给女方；二周岁以上的孩子，谁抚养更有利于孩子成长，就判给谁抚养；十周岁以上的孩子，会考虑孩子的个人意愿。
婚姻法
　　第三十六条　父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。
　　离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。
　　离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。
最高法院关于子女抚养的若干意见
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活：
（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；
（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。

房子的产权要分清是婚前所建还是婚后所建，婚前属于个人财产。还要分清是谁建的，若是你父母建的自然产权是您父母。
2、可以要求得到小孩的抚养权，从自己抚养有利于孩子的成长来分析。
3、分居两年不会自动离婚，这个也需要举证或主张对方认可。此次起诉败诉，可以在6个月后再次起诉，法院到时一般都判离婚。

夫妻离婚后的任何时间内，一方或双方的情况或抚养能力发生较大变化，均可提出变更子女抚养权的要求。变更子女抚养权一般先由双方协商确定，如协议不成，可通过诉讼请求人民法院判决变更。有下列情形之一的，人民法院应予支持： 　　
(1)与子女共同生活的一方因患严重疾病或因伤残无力继续抚养子女的； 　　
(2)与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响的； 　　
(3)十周岁以上未成年子女，愿随另一方生活，该方又有抚养能力的； 　　
(4)有其他正当理由需要变更的。 　　离婚后，孩子由谁抚育，应从有利于孩子健康成长的角度考虑，在这个前提下，无妻离婚时可以协商确定，协商不成，可由人民法院判决。