你好，我2011年与大庆市下属的一个区的人力资源和社会保障局签了一个学校教师的工作，是国家事业编制的。协议规定自行离职或脱产考研究生的要缴纳违约金3万元，如果不缴纳就不给变动人事关系和档案专递。那么我的档案没有交，毕业后一直留在学校，但是派遣证已经派到人事局了。这样的情况如果我辞职不交违约金的话，他还能控制我的人事关系和档案了吗？

还有个问题时，协议还有一条是一年内发现重大疾病，不能工作的就解除合同。那么因为我有病而跟我接触合同的话，我还需要缴纳违约金吗？

辞职后被公司扣留档案，可以申请劳动仲裁吗？原单位不予办理人事档案调转手续，是属于辞职纠纷的劳动争议。可以申请劳动仲裁， 　　辞职后被公司扣留档案，可以申请劳动仲裁吗？ 　　按我国劳动法的规定，当事人可就以下争议提请劳动仲裁： 　　
1、因用人单位开除、除名、辞退劳动者及劳动者辞职、自动离职发生的争议； 　　
2、因执行国家有关工资、奖金、保险、福利、培训、劳动保护的规定发生的争议； 　　
3、因履行劳动合同发生的争议，包括因执行、变更、解除、终止劳动合同发生的争议； 　　
4、劳动者与用人单位之间没有订立书面劳动合同，但已形成事实劳动关系后发生的争议； 　　
5、法律法规规定的其他劳动争议。 　　在辞职中和原用人单位发生纠纷，原单位不予办理人事档案调转手续，是属于辞职纠纷的劳动争议，您可以向原单位所在地劳动争议仲裁委员会提请解除劳动关系的仲裁申请，在劳动争议仲裁裁定您与原单位解除劳动关系后要求原单位办理人事档案调转手续，如果单位拒绝办理您可以向当地劳动局劳动监察科投诉要求处理。

劳动合同存续期间，劳动者要求解除劳动关系的，应当提前30日以书面形式提交申请。由此给用人单位造成的损失，应当由劳动者赔偿。只要劳动者履行提前通知的义务，原则上无需用人单位同意。
若用人单位迟迟不办理离职手续，劳动者可以通过劳动仲裁要求解除劳动关系。

违约金是指当事人一方违反合同时应当向对方支付的一定数量的金钱或财物。
依不同标准，违约金可分为：
(1)法定违约金和约定违约金;
(2)惩罚性违约金和补偿性(赔偿性)违约金。
合同法施行之前，我国的违约金制度兼容以上各种形态，合同法则做了全新的规定。