签订了劳动合同（合同未到期），也买了社保（现社保已停），但是因为和领导不合的原因选择自动离职，未办理任何离职手续，现在已经三个月，公司应当怎样处理？？期间公司没有送达任何的书面通知给我，只是公司内部说对我按自动离职处理，有没有权利扣着解除劳动关系证明不给我？

处理自动离职的情况涉及很多，需要具体情况具体分析。比如，自动离职员工怎么处理？ 自动离职的，劳动合同不能自动解除。
“自动离职”仅仅是一种暂时离岗的状态，并非已解除劳动合同。
劳动合同法第36条至第41条对劳动合同的解除方式有明确规定。合同解除方式有三种，即员工单方解除合同、双方协商解除、企业单方面解除，法律中并不存在劳动合同的自动解除。
正确解除劳动合同的，正式员工提前一个月，试用期员工提前三天通知用人单位解除。

按参保形不同，可分为公司参保和个体参保。在参保范围内，个体参保比公司参保少了工伤和失业险。个人办理社保需要的证件：
　　参保人员需要携带身份证复印件（正反两面复印），没有办理二代身份证或二代身份证丢失的参保人员，需要提供本人户口页复印件，特殊人群需要提供特殊证件复印件（如：伤残证、工伤证、低保证等）。

如果因为员工的离职，给公司造成损失的，可以起诉。关键是需要明确诉求。劳动合同法关于辞职的规定《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。《中华人民共和国劳动法》第31条规定：“劳动者解除劳动合同，应当提前30日以书面形式通知用人单位”，这就明确赋予了职工辞职的权利，而且这种权利是绝对的，劳动者单方面解除劳动合同无须任何实质条件，只需要履行提前通知的义务即可。原劳动部办公厅在《关于劳动者解除劳动合同有关问题的复函》中也指出：“劳动者提前30日以书面形式通知用人单位，既是解除劳动合同的程序，也是解除劳动合同的条件。劳动者提前30日以书面形式通知用人单位，解除劳动合同，无须征得用人单位的同意。超过30日，劳动者向用人单位提出办理解除劳动合同手续，用人单位应予以办理。《劳动法》一方面赋予了职工绝对的辞职权，另一方面又赋予了用人单位一定的请求赔偿损失的权利。《劳动法》第102条规定：“劳动者违反本法规定的条件解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任”;原劳动部在《违反有关劳动合同规定的赔偿办法》的第4条明确规定了赔偿的范围：“劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位下列损失：
1、用人单位招收录用其所支付的费用;
2、用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理;
3、对生产、经营和工作造成的直接经济损失;
4、劳动合同约定的其他赔偿费用。”职工主动提出与企业解除劳动合同后，部分职工在以书面通知用人单位30日后主动离职，不理会用人单位的赔偿要求，用人单位则可能不给职工办理人事关系和档案的调转手续。职工离职后人事关系和档案长期滞留在原用人单位，会造成职工在新的工作单位不能办理正常的录用手续，拿不到包括档案在内的个人材料，也不能缴纳劳动保险。因此根据您所描述的情况，由于公司与员工订立了相关的合同，也未发生劳动法所述的劳动者可自行解除劳动合同的事项，因此这时，员工未按相关规定辞职，给公司带来的损失，公司是可以向劳动者主张的。建议通过法律途径进行解决，避免不必要的麻烦。