员工通过有限责任公司持有了另外一家有限责任公司的股份，?现在另外一家有限责任公司上市。?但员工如果要出让股权的话，?按照当前架构要被双层增税（企业所得税和资本利得税），?有没有什么办法去除企业所得税？

工资已是股份，不可以要回。

公司是股份制企业，员工用工资购买股份入股，工资已经作为投资变成股份，现在公司因为经营不善，进行清算，公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

《公司法》
第一百八十六条清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

具体情况具体分析，例如，公司股权变更的手续：
1、所需资料
（1）旧的公司章程；
（2）打一份新的公司章程；
（3）营业执照正副本(不能复印件)；
（4）公章；
（5）各股东身份证；
（6）需要填写的资料：
①变更申请书(签字和盖公章)
②出资人情况表(需要盖公章)
③该变更公司的董事、监事选举决议(新股东签字)
④该公司股权同意修改公司章程决议(新股东签字)
⑤该公司股权转让协议(原股东签字)
⑥公司董事、监事、经理情况表(身份证上签字和盖公章)
⑦该公司股权转让协议2(按要求签字)
⑧该公司执行董事聘任经理决议(签字)
⑨公司法定代表人登记表(签字和盖公章)
注：资料填写完整之后，在身份证复印件上签上本人名字，并写上“与原件一致”，该签字的地方签字，保持字迹一致。
2、带上资料，拿到工商局，等待通知去领营业执照。
3、之后去地税局办理税务登记，到时需要带上的材料：变更后的章程或章程修正案(2份)、股权转让协议原件和复印件(2份)、投资者变更为法人股东的还应提供法人股东的税务登记证的复印件(2份)、税务登记证副本原件。

上市公司的股权转让在新公司法中被称为股份转让，分为记名股票的转让和无记名股票的转让。对于上市公司的股权转让，公司不得在法定限制之外设定意定限制。上市公司股权转让的限制主要表现在对发起人、董事、监事、经理持股转让权的限制、禁止内幕交易、对收购上市公司设定法定限制以及股权分置改革中非流通股股东上市挂牌交易转让股份的限制。
　　新公司法第一百四十二条规定：“发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起一年内不得转让。公司公开发行股份前已发行的股份，自公司股票在证券交易所上市交易之日起一年内不得转让。
公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五;　　所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年内不得转让。
上述人员离职后半年内，不得转让其所持有的本公司股份。公司章程可以对公司董事、监事、高级管理人员转让其所持有的本公司股份作出其他限制性规定”。