16年毕业的大学生，毕业跟公司签了三方协议，现已辞职，手续都办完了，取档案的时候，人资部的问我要违约金。三方协议上写的是，工作必须够5年，不满一年交5000，不满3年交3000

员工申请解除就业协议是不需要支付违约金的。虽然学生是不能和单位建立劳动关系，但是实习生离职也可参照《劳动合同法》执行。
　　
1、员工辞职，只需要提前三十天以书面的形式通知单位，试用期提前三天通知单位就可以了，到期直接办理离职手续，并且要求单位结清工资即可。并不需要什么理由。如果单位拒绝支付工资，那么员工可以申请劳动仲裁进行维权。
　　
2、依据《劳动合同法》
　　第三十七条 劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
　　《工资支付暂行条例》
　　第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
　　第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
　　第十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

员工辞职并不需要单位批准，只要员工提前三十天以书面的形式通知单位即可。而员工在重病期间，应该请假治疗。如果员工辞职之后，单位是不会再为员工缴纳社保，员工就不能使用医疗保险进行结算医疗费了。
依据《劳动合同法》第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。
　　三方就业协议书不同于劳动合同。首先，三方就业协议书是国家教育部统一印制的，主要是明确三方的基本情况及要求。三方就业协议书制定的依据是国家关于高校毕业生就业的法规和规定，有效期为：自签约日起至毕业生到用人单位报到止的这一段时间。
而劳动合同是受《劳动法》和《合同法》的限定和保护，有些用人单位如许多外企在确定录用时(注：在到用人单位报到前)，就同时要求和毕业生签订一份类似劳动合同的协议;而更多的用人单位则要求先签“就业意向书”，毕业生报到后再签订劳动合同。
其次，就业协议是三方合同，它涉及学校、用人单位、学生等三方面，三方相互关联但彼此独立;而劳动合同是双方合同，它由劳动者和用人单位两方的权利、义务构成。第三，毕业生签订就业协议时仍然是学生身份，但是签订劳动合同时应当是劳动者身份。
劳动合同一经签订，就业协议的效力应当丧失。如果劳动合同与三方协议附件内容矛盾，以劳动合同为准。　　　　三方协议之试用期辞退　　根据《劳动法》第二十五条规定，劳动者在试用期间被证明不符合录用条件的，用人单位可以解除劳动合同，法律规定得很清楚，用人单位可解除劳动合同的条件是其必须举证证明劳动者在试用期间不符合录用条件。
这里毕业生应当明确，用人单位要求解除劳动合同时，举证责任在用人单位，劳动者无需提供自己符合录用条件的证明。　　举证责任无疑限制了用人单位解除劳动合同的随意性，用人单位如果没有证据证明劳动者在试用期间不符合录用条件，用人单位就不能解除劳动合同，否则，用人单位需承担因违法解除劳动合同所带来的一切法律后果。