因为我没有按时打考勤卡，公司每个月罚我三分之一工资，作为考勤处罚，这样合理吗？扣得我的工资还能要回来吗？他还每个月扣我的工资1000元作为年考核一起发放，现在到一年了也没有发，可以要回来吗？

公司没有钱发工资首先需要确定劳方资方没有劳动争议，若然只是拖欠工资，，可以请求当地劳动局干预情况严重的更可以考虑劳动仲裁，若然公司严重亏损导致工资发放不出来，这种情况就必须考虑联合多名员工或其它债权，一起去法院申请公司破产。前者不收取立案费用，后者需要收取费用，具体可咨询法院。
仲裁结果对大家都有效，都能收益。 根据破产法第一百一十三条规定： 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
（三）普通破产债权。 破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
公司若然真的没有钱了，采取劳动仲裁方式的即使赢了，也很难履行按时发放工资。如果是进入破产程序，就好办了，职工工资都会得到优先受偿的。趁公司还没有把财产全部处理掉，最好尽快进入破产程序，不然先付谁钱就是公司说了算，职工工资很难得到保障。