你好！请问，我上班迟到四十多分钟，单位扣我半月绩效工资是否合法？

如果你入职时，资方已向你告知企业相关劳动纪律及处理办法，你已认同企业规章制度。企业的处罚是有理由根据的，根据《劳动工资支付监督管理办法》中规定：“
22、 除下列情形外，用人单位不得以任何理由扣减劳动者工资：
（1）法律、法规、规章规定应当由用人单位代扣、代缴的；
（2）用人单位与劳动者书面约定从工资中扣减的；
（3）其他依法可以扣减的情形。
23、 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以从劳动者的工资中扣除其赔偿金，但扣除后的工资剩余部分不得低于当地最低工资标准。 ”
如果你认为因为上班迟到扣工资的处罚过重，可向当地劳动纠纷仲裁委员会提出申诉，要求减免，讨回被扣工资。

你们并没有在劳动合同中约定过绩效工资，而是按照惯例在执行绩效工资的计算。绩效工资的计算方式，属于内部制度。如果要对此进行调整，理论上要通过民主协商的方式确定，单位不能单方面作出调整。
所以，你能够证明你们之前的绩效工资惯例的话，可以通过劳动监察或劳动仲裁的方式，阻止单位对于绩效工资的制度变更，保障自己的权益。

　　绩效工资是按照劳动合同或者用人单位依法制定的绩效制定执行，用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
　　《劳动合同法》
　　第三条　订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
　　依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
　　第四条　用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
　　用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
　　在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
　　用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
　　第八十条　用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
　　第七十七条　劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。
　　第七十八条　工会依法维护劳动者的合法权益，对用人单位履行劳动合同、集体合同的情况进行监督。用人单位违反劳动法律、法规和劳动合同、集体合同的，工会有权提出意见或者要求纠正；劳动者申请仲裁、提起诉讼的，工会依法给予支持和帮助。