法院受理后已判令执行通知的案子，当事人双方已自行和解，赔付款项也没有经过法院，执行费还要负担吗？

民事调解书，是指人民法院审理民事案件的过程中，根据自愿和合法的原则，在查清事实、分清是非的基础上，通过调解促使当事人达成协议而制作的法律文书。 如果有证据证明调解不是建立在相商一致的基础上或是存在胁迫、欺诈等违法情况的当然可以申请撤销。
调解书生效后即具有有强制力是因为这是建立在双方合意的基础上，是当事人自主选择的现，其本身就是公平的。如出现上述不具公平性的情况时，可依法申请撤销。
根据《民事诉讼法》第一百八十条的规定，当事人对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或调解协议的内容违反法律规定的，可以申请再审。

《诉讼费用交纳办法》n　第十四条　申请费分别按照下列标准交纳：n　　
（一）依法向人民法院申请执行人民法院发生法律效力的判决、裁定、调解书，仲裁机构依法作出的裁决和调解书，公证机关依法赋予强制执行效力的债权文书，申请承认和执行外国法院判决、裁定以及国外仲裁机构裁决的，按照下列标准交纳：n　　
1.没有执行金额或者价额的，每件交纳50元至500元。n　　
2.执行金额或者价额不超过1万元的，每件交纳50元；超过1万元至50万元的部分，按照
1.5％交纳；超过50万元至500万元的部分，按照1％交纳；超过500万元至1000万元的部分，按照
0.5％交纳；超过1000万元的部分,按照
0.1％交纳。n　　
3.符合民事诉讼法第五十五条第四款规定，未参加登记的权利人向人民法院提起诉讼的，按照本项规定的标准交纳申请费，不再交纳案件受理费。n　　
（二）申请保全措施的，根据实际保全的财产数额按照下列标准交纳：n　　财产数额不超过1000元或者不涉及财产数额的，每件交纳30元；超过1000元至10万元的部分，按照1%交纳；超过10万元的部分，按照
0.5％交纳。但是，当事人申请保全措施交纳的费用最多不超过5000元。n　　
（三）依法申请支付令的，比照财产案件受理费标准的1/3交纳。n　　
（四）依法申请公示催告的，每件交纳100元。n　　
（五）申请撤销仲裁裁决或者认定仲裁协议效力的，每件交纳400元。n　　
（六）破产案件依据破产财产总额计算，按照财产案件受理费标准减半交纳，但是，最高不超过30万元。n　　
（七）海事案件的申请费按照下列标准交纳：n　　
1.申请设立海事赔偿责任限制基金的，每件交纳1000元至1万元；n　　
2.申请海事强制令的，每件交纳1000元至5000元；n　　
3.申请船舶优先权催告的，每件交纳1000元至5000元；n　　
4.申请海事债权登记的，每件交纳1000元；n　　
5.申请共同海损理算的，每件交纳1000元。

根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》，人民法院委托拍卖动产或不动产时应当确定保留价，如果第1次出现流拍，再行拍卖时，可以酌情降低保留价，但每次降低的数额不得超过前次保留价的20%。对于第2次拍卖仍流拍的动产，人民法院可以将其作价交申请执行人或者其他执行债权人抵债。
申请执行人或者其他执行债权人拒绝接受或者依法不能交付其抵债的，人民法院应当解除查封、扣押，并将该动产退还被执行人。