公司实行新的绩效考核制度，个人绩效与公司绩效挂钩，现公司绩效不合格（实际公司业绩很好，是绩效不好。）公司扣除了绩效奖金，这个没有异议。但是公司也扣除了大部分员工的一小部分工资（也就是倒扣），这是否有法可依，是否违规

关于工资扣除的问题，可参考如下规定：
1.《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
2.《劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。

员工试用期违规自己要辞职，用人单位应当支付劳动者的合法工资，不得非法拖欠劳动者的工资，劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
　　《工资支付暂行条例》
　　第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
　　第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
　　第五条工资应当以法定货币支付。不得以实物及有价证券替代货币支付。
　　第六条用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。
　　用人单位可委托银行代发工资。
　　用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
　　第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
　　第八条对完成一次性临时劳动或某项具体工作的劳动者，用人单位应按有关协议或合同规定在其完成劳动任务后即支付工资。
　　第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

如公司随意克扣工资的话，可以找当地的劳动监察部门进行投诉，由劳动监察大队责令用人单位限期发放工资，逾期不支付的，还要加付赔偿金。也可以通过直接向当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请的方式予以解决。
最后，如有充分证据的话，还可以直接向法院提起诉讼。