我在公司实习，没有签订三方协议，然后公司要求我们实习六个月，如果违约，要支付5000违约金，这合法么

三方已经在协议书上签字，是三方真实的意思表示，那么这份协议书就已经具有法律效力。至于是否需要交违约金，需视协议书三方具体如何约定而定。如果在协议书中明确约定了各方的违约责任，依据《合同法》的规定，根据该违约条款承担相应的责任。

违约金相关知识：　　违约金是指按照当事人的约定或者法律直接规定，一方当事人违约的，应向另一方支付的金钱。违约金的标的物是金钱，但当事人也可以约定违约金的标的物为金钱以外的其他财产。
违约金具有担保债务履行的功效，又具有惩罚违约人和补偿无过错一方当事人所受损失的效果，因此有的国家将其作为合同担保的措施之一，有的国家将其作为违反合同的责任承担方式。
　　债权人或债务人完全不履行或不适当履行债务时，必须按约定给付他方的一定数额的金钱。违约金是债的担保的一种，也是对违约的一种经济制裁。违约金的设立，是为了保证债的履行，即使对方没有遭受任何财产损失，也要按法律或合同的规定给付违约金。
违约金的标准依法定或双方在合同中书面约定。违约金有两种：　　①惩罚性违约金，其作用全在惩罚，如果对方因违约而遭受财产损失，则违约一方除支付违约金外，还应另行赔偿对方的损失。
　　②补偿性违约金，是对合同一方当事人因他方违约可能遭受的财产损失的一种预先估计，给付了违约金，即免除了违约一方赔偿对方所遭受的财产损失的责任;即使损失大于违约金，亦不再补偿。
　　《中华人民共和国经济合同法》第35条规定：“当事人一方违反经济合同时，应向对方支付违约金。如果由于违约已给对方造成的损失超过违约金，还应进行赔偿，补偿违约金不足的部分。
”

根据《合同法》第一百一十四条的规定，违约金过高的比较标准为守约方的实际损失，如上所述，实际损失包括直接损失和履行利益损失。《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十六条的规定，以调整到实际损失的130%为原则，以体现违约金的惩罚性。
法律对于违约金的最高限度并没有明确的规定，最高人民法院关于适用《中华人民共和国担保法》若干问题的解释第一百二十一条规定当事人约定的定金数额超过主合同标的额百分之二十的，超过的部分，人民法院不予支持。