我妻子在单位工伤，在二次手术后做了工伤鉴定，单位现在说只能报第一次住院手术的费用，我应该怎么办？

员工可以按照工伤复发来算，需要有病例、医疗记录以及医院发票和费用清单，同事还需要工伤认定书和本人身份证件到社保中心申请工伤待遇审核。
1、工伤赔偿包括工伤保险基金支付的治疗费、康复费、住院期间生活费、以及伤残一次性伤残补助金和相应等级的津贴。单位支付员工工伤期间的工资，以及伤残的一次性就业补助金，一次性医疗补助金根据地方法规确定支付方。
2、工伤待遇审核时在治疗完毕或者劳动能力鉴定结果下达后，向社保递交申请后下达的。主要资料有：工伤待遇审核申请表、医疗终结或者劳动能力鉴定表、病例、出院小结、医疗发票及住院清单、工伤认定书和本人身份证复印件。
3、受伤员工申请后在60日内下达待遇。
4、依据《社会保险法》n第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：
（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；
（二）住院伙食补助费；
（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；
（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；
（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；
（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；
（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；
（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：
（一）治疗工伤期间的工资福利；
（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。

申请进行工伤鉴定是需要收取相关费用的。具体工伤鉴定的收费标准：市、区县劳动鉴定委员会按每例收取200元劳动鉴定费。因工负伤、患职工的鉴定费由职工所在单位负担;因病、非因工负伤办理退休退职职工的鉴定费，结论为完全丧失劳动能力的，鉴定费由职工所在单位负担;否则，由申请方负担鉴定费。
对鉴定不服申请复鉴的，复鉴改变原鉴定结论的，由原鉴定方支付鉴定费，复鉴不改变原鉴定结论的由申请方支付鉴定费。

首先您混淆了一个概念，是否属于工伤，叫做工伤认定；而劳动能力鉴定是伤残等级确认，叫做伤残鉴定。您说的是伤残等级鉴定。因为您属于工伤，故应当享受工伤待遇。其中包括医疗费、工伤津贴、住院伙食补助费、陪护费---当然不包括交通费在、住宿费、出差鉴定时候的出差补助（补贴）。
不知道我的解答您是否满意，请回复我。