没有结婚证两个小孩都是我抚养的，大的6岁，小的3岁现在她妈妈回来要一个小孩，我不想两个孩子分开法院会怎么判了？

抚养权方面，要按照那一方的抚养对孩子成长有利原则，法院确定抚养权时会综合考虑孩子现在的生活状态、夫妻双方的工作收入及道德方面及孩子是否一直由一方父母在抚养等因素来判断。2岁以下的小孩一般判给母亲抚养，10以上的孩子，要听取孩子的意见. 若有两个孩，原则上是一人抚养一个小孩的没有扶养孩子一方应支付抚养费，抚养费一般是一方收入的20-30％。
抚养费包括生活费 、教育费、医疗费等 婚姻存续期间取得的财产均属夫妻共同财产，夫妻共同财产和债务归夫妻共同所有和负担，一般是一人一半 。若一方现在经济条件较差，法院会让另一方适当帮助。
如果一方有过错，分割财产是可以少分或者不分.若协商不成只能起诉。

没有结婚证属于同居关系，对于同居关系所生的子女，属于非婚生子女。
《婚姻法》第36条规定规定了非婚生子女与婚生子女拥有同等的抚养权。在司法实践中，非婚生子女的抚养权依据以下方式确定：
1、两周岁以下的子女一般随母方生活。
母方有下列情形之一的，可随父方生活：
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重性疾病、子女不宜与其共同生活的；
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。
2、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的可予以优先考虑：
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
(3)无其他子女，而另一方有其他子女的；
(4)父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，祖父母或外祖父母有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父母生活的优先条件予以考虑；
(5)在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予以准许。
3、父母双方协议两周岁以下随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可以准许。

谁对孩子的成长有利谁获得孩子的抚养权。婚姻关系中的配偶一方同时也是独立的民事主体，享有作为自然人的人身权利和人格尊严，另一方负有尊重配偶这些权利的义务。在婚姻关系中，侵犯这些权利的行为主要包括家庭暴力和虐待。
　　第三十六条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。　　离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。
哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。　　第三十七条离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议;协议不成时，由人民法院判决。
关于子女生活费和教育费的协议或判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或判决原定数额的合理要求。　　第三十八条离婚后，不直接抚养子女的父或母，有探望子女的权利，另一方有协助的义务。
行使探望权利的方式、时间由当事人协议;协议不成时，由人民法院判决。