别人欠我钱，准备用一套正在还贷的房子抵帐，房产证暂时无法办理，请问双方签署协议并公证会不会日后带来纠纷？

按照《合同法》的规定，明确买受人与出卖人的权利义务。合同生效后，当事人就办理房产证的时间没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
依照《合同法》规定仍不能确定的，出卖人可以随时履行，买受人也可以随时要求履行。但应当给对方必要的准备时间。　　出卖人办理房产证的义务的履行，重点在于考察其开始去登记机关申请房屋产权过户登记这一行为。
当然，申请房屋产权过户登记仅仅是出卖人履行办理房产证行为的开始而非结果，完成办理房产证即过户登记的完成方是合同的目的。如果由于出卖人原因在合理期间内不能完成产权过户登记的，买受人可以请求解除合同，并要求出卖人承担违约责任。
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拆迁补偿中的房子房产证问题，在实践中，经常会出现一些当事人申请翻建扩建的房屋时没有及时向房管部门申请产权的登记，没有向规划部门报批等的情况。对于这种情况，首先要由申请规划的部门对房屋的合法性进行一系列的认定。
如果房屋的建设是合法的，拆迁人应当给予补偿，如果是违章的建筑，则不予补偿。