我父亲承包的荒滩，开始是用来搞养殖的，后来不景气就改成厂房了，有建房证和土地使用证，但是实际面积比证件上的超了，该怎么办

房产纠纷也称房地产纠纷。纠纷，可以通过仲裁、行政复议和诉讼来解决。
房地产纠纷的仲裁是争议双方当事人自愿的，由第三人居中裁决的，具有法律强制力的一种解决房地产权益纠纷的方法。
一旦裁决或达成的调解生效后，双方当事人必须执行；如果一方当事人不执行裁决或调解协议，另一方可以申请人民法院强制执行。

土地使用证的定义　　土地使用证是确认土地使用权的法律凭证。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。　　土地使用证内各项数据和编号，如单位名称、四至、土地数量、位置、土地变更等，必须与土地登记表相一致。
土地使用证附图可根据土地利用现状底图或地籍图透绘获得。随着面积和界线的变更，附图也应作相应改动。　　国有土地使用证由国家土地管理局统一监制，市、县人民政府颁发，土地管理机关填写，发给依法使用国有土地的单位和个人，并由其保存。
其主要内容包括：①土地使用者名称、地址、图号、[1]地号、用途、批准使用期限、四至、填发机关签章、年、月、日。②城镇土地使用中用地面积，其中建筑占地，共有使用权面积，其中分摊面积，土地等级;农村土地中土地总面积，其中地类面积。
③备注。④变更记事。⑤附图以及证书的编号等。　　发证机关　　农民集体所有土地　　根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。　　可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
　　国有土地　　根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五条，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上人民政府登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。
其中，中央国家机关使用的国有土地的登记发证，由国务院土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由国务院土地行政主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。　　根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十一条，以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。
　　土地使用证的变更　　根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。
土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。依法改变土地用途的，必须持批准文件，向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行变更登记。
　　根据《中华人民共和国城市房地产管理法》房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。

《农村土地承包法》第5条规定，“农村集体经济组之成员有权依法承包由本集体经济组织发包的土地。任何组织何个人不得剥夺和非法限制农村集体经济组织成员承包土地的权利。”该条规定中的“农村集体经济组织成员”之前并没有特殊的限定语，这意味着只要是农村集体经济组织的成员，有能力和意愿承包本集体经济组织的土地，任何人无权干涉。