公司因效益3个月放了20多天的厂假，这段时间基本工资被扣了，请问这样合理吗

劳动者基本工资是根据劳动合同约定或国家及企业规章制度规定的工资标准计算的工资，也称标准工资。在一般情况下，基本工资是职工劳动报酬的主要部分。劳动者的全额工资是指其每月所收入的基本工资(又称标准工资)与辅助工资(又称非标准工资)之总和，即实得工资。
劳动者的全额工资与基本工资的概念是用人单位与劳动者经常会遇到的两个概念。　　基本工资弄清这两个概念对于用人单位和劳动者都很重要。因为计发劳动者的待遇，时常会用到这两个概念。
例如：在解除劳动合同计发经济补偿金时，需要用劳动者全额工资的概念，而终止劳动合同计发生活补助费和女职工“三期”内计发工资时，需要用劳动者基本工资的概念。如果不准确地理解这些概念，容易因此而发生劳动争议，对劳动关系双方都不利。
　　根据国家统计局1990年1月1日颁发的《关于工资总额组成的规定》(1990年1月1日局令第1号)和《〈关于工资总额组成的规定〉若干具体范围的解释》，以及劳动部颁发的《工资支付暂行规定》(劳部发[1994]489号)和《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》(劳部发[1995]226号)的有关规定，劳动者的全额工资是指其每月所收入的基本工资(又称标准工资)与辅助工资(又称非标准工资)之总和，即实得工资。
劳动者基本工资是根据劳动合同约定或国家及企业规章制度规定的工资标准计算的工资。例如工资总额组成中的计时工资、计件工资就是基本工资。再具体些说，实行结构工资制的单位支付给职工的基础工资和职务(岗位)工资均属基本工资。
劳动者的辅助工资是指基本工资以外的各种工资。例如奖金、津贴和补贴、加班加点工资、附加工资、保留工资等等。　　需要说明的一点是，工资总额一般是用人单位在从事统计、缴费等劳动工资工作中常用的一个概念。
与劳动者的全额工资(或称实得工资)、基本工资等概念有联系，但不是一回事。在理解劳动者全额工资等概念时，常常也会联系到工资总额的概念。　　现实意义　　在企业实际管理中，基本工资的概念非常泛化，而且在法律上也并无确定的定义，所以每个企业对基本工资的定义和标准也是千差万别，因此基本工资只是一个模糊概念。

用人单位未依照劳动合同的约定或未依照本法规定支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
在用人单位拖欠或未足额发放劳动者报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

公司克扣劳动者工资，根据我国劳动合同法的规定，劳动者可以到劳动争议仲裁委员会申请仲裁解决。
《劳动法》关于仲裁时效规定于第八十二条:提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。