员工自离，法律规定，公司扣除员工工资的百分比是多少

根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令第512号)第三十四条规定：“企业发生的合理的工资、薪金支出，准予扣除。
前款所称工资、薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。
”

公司克扣劳动者工资，根据我国劳动合同法的规定，劳动者可以到劳动争议仲裁委员会申请仲裁解决。
《劳动法》关于仲裁时效规定于第八十二条:提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。

劳动者擅自离职，没有提前30天提出离职，用人单位也不存在《劳动合同法》第三十八条的情况，劳动者属于违法。用人单位应该全额支付劳动者工资，但是该劳动者给用人单位造成的直接经济损失、招聘产生的费用，用人单位可以要求劳动者承担。　　劳动者和用人单位都可以申请劳动仲裁维护自身合法权益。　　
1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（北京地区不需要提供登记信息）！　　
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对双方进行调解，调解不成仲裁委下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；　　
3、可以不请当地律师代理，请专业人士提供远程指导服务并写劳动仲裁申请书、证据清单等法律文书。并且申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作！　　《劳动合同法》第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：　　
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；　　
（二）未及时足额支付劳动报酬的；　　
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；　　
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；　　
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；　　
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。　　用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。　　第九十条　劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。