以前被告是个人独资加工厂，在2014年转变为有限责任公司，被告占98%股份，另外两个股东各为1%，在变更前，原告就与被告在商品交易了，那此时应该起诉被告个人还是公司

根据我国公司法的规定，股东对公司的投资，既可以采取货币出资方式，也可以实物、工业产权、非专利技术、土地使用权作价出资的方式。每种出资方式应遵守相应的规定。　　
(1)货币出资方式　　货币出资方式是指股东直接用资金向公司投资的方式。股东直接用金钱向公司投资，其认缴的股本金额应在办理公司登记前将现金出资一次足额存入准备设立的有限责任公司在银行或其他金融机构开设的临时帐户。　　
(2)实物作价出资方式　　实物作价出资方式是指股东对公司的投资是以实物形态进行的，并且实物构成公司资产的主体。实物必须是公司生产经营所必需的建筑物、设备、原材料或者其他物资，非公司生产经营活动所需要的物资，不得作为实物入股公司。根据公司法的规定，以实物出资的，应当到有关部门办理转移财产的法定手续。对于实物出资，必须评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。对于国家行政事业单位、社会团体、企业以国有资产为实物出资的，实物作价结果应由国有资产管理部门核资、确认。股东以实物作价出资，应在办理公司登记办理实物出资的转移手续，并由有关验资机构验证。　　
(3)工业产权出资方式　　工业产权(包括非专利技术)是一种无形的知识资产，它与有形资产不同，它是一种使用权。用工业产权出资，大体上可分为两类：一类是专利权和商标权，一类是专有技术，指的是制造工艺、材料配方及经营管理秘诀。股东以工业产权(包括非专利技术)作为出资向公司入股，股东必须是该工业产权(包括非专利技术)的合法拥有者，并经过法律程序的确认。股东以工业产权(包括非专利技术)作价出资，必须对工业产权、非专利技术进行评估作价，不得高估或者低估作价，并应在公司办理登记注册之前办妥其转让手续。我国公司法规定，股东以工业产权(包括非专利技术)作价出资的金额不得超过有限责任公司注册资本的20%。　　
(4)土地使用权出资方式　　股东以土地出资入股，只能是以土地使用权出资入股。根据《股份制试点企业土地资产管理暂行规定》的规定，使用集体企业土地的股份制企业，必须持负责审批组建股份制企业主管部门的批准文件，经县级以上人民政府批准，按国家建设征用土地的规定由国家征用，依法出让给股份制企业，或由国家作资入股。土地使用权价格由县级以上人民政府土地管理部门组织评估，并报县级以上人民政府审核后，作为核定的土地资产金额。股东以土地使用权出资，必须持有土地管理部新颁发的国有土地使用证。在公司成立后，股东将国有土地使用证交给公司，由公司向当地人民政府土地管理部门申请变更土地登记。