从月薪中扣1000元或3000元以上是合法的吗？

用人单位是否可以扣发劳动者的工资，要视具体情况而定。　　我国劳动法第50条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这一规定是对劳动者工资报酬权的法律保护。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由，扣减劳动者的应得工资。
用人单位克扣劳动者工资的行为，有两方面的标准，一是看劳动者是否提供了正常的劳动;二是看用人单位是否有正当的理由。如果劳动者按照劳动合同的约定，提供了无过错的正常劳动，而用人单位又不具有扣除工资的法定理由的，就属于克扣劳动者工资。
克扣劳动者工资的行为是违法行为，是对劳动者工资权的侵犯。

关于压工资是否合法的问题，解答如下：
《劳动法》规定，工资按月发放。当月发放上月的工资是可以的，但是跨月就违法；如果公司拖欠工资，劳动者可以到劳动监察大队投诉，由劳动监察大队责令用人单位限期发放工资，逾期不支付的，还要加付赔偿金。

用人单位应当按照劳动合同约定工资数额按时足额地发放，工资支付周期最长不得超过一个月，不得无故拖欠克扣劳动者工资，否则应当支付拖欠工资和滞纳金。
　　《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
　　《工资支付暂行规定》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
　　《劳动争议调解仲裁法》 第九条规定，用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。
劳动纠纷劳动关系当事人之间因劳动的权利与义务发生分歧而引起的争议，又称劳动纠纷。其中有的属于既定权利的争议 ，即因适用劳动法和劳动合同、集体合同的既定内容而发生的争议；有的属于要求新的权利而出现的争议，是因制定或变更劳动条件而发生的争议。