因为他辞职了，他已经提前给他的老板打了电话并报告了他的辞职。由于健康不佳，他请了一天假。老板扣除了1000元的工资。

《劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
　　
（一）因确认劳动关系发生的争议；
　　
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
　　
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
　　
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
　　
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
　　《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
　　《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

单位无故克扣工资怎么办？
用人单位应当以货币形式按月向劳动者及时足额支付劳动报酬，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
用人单位应当自与劳动者建立劳动关系之日起计发劳动者工资；实行月工资制的，用人单位应当按照本单位工资支付制度规定或者劳动合同约定的日期支付工资。
如遇法定休假日或者公休日，应当提前支付；与劳动者依法终止或者解除劳动合同的，工资计发到劳动合同终止或者解除之日，并自终止或者解除劳动合同之日起3日内一次性付清。
如果用人单位不依法支付劳动者工资，劳动者可以携带本人身份证和与用人单位之间存在劳动关系的证明(如：劳动合同、工资条、入职表、求职表、工作证、考勤记录等)，到用人单位工商注册登记的同级劳动保障监察部门投诉。

辞职后公司最后一个月工资中社会保险　会代扣到你社会在本企业的中止日期，如果没有中止交费则须代扣个人应缴纳的部分。
　　用人单位代扣代缴社保是公司提法定义务与责任，用人建立了社保关系则要按规定交缴纳个人应缴部分，否则会造成断交费问题，与劳动者是不利的。
　　同时，社保缴费都是公司缴费（大部分）＋个人缴费（小部分）来构成，从情理法理上最后一个月工资都应扣个人应缴费部分。在解除劳动合同关系时公司应出具解除合同证明给你，写明你的社保缴纳基本情况，截至月份等。