外来务工人员的工资应该被征税，并支付超过卡上每月支付的金额。

公司发放工资时，发现金还是直接打卡只是工资发放方式上的区别，不影响个人所得税的计算。即如果工资数额达到缴纳条件，公司应当依法予以扣缴。《个人所得税法》第八条个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。

个人所得税率是个人所得税税额与应纳税所得额之间的比例。个人所得税率是由国家相应的法律法规规定的，根据个人的收入计算。缴纳个人所得税是收入达到缴纳标准的公民应尽的义务。
2011年6月30日，十一届全国人大常委会第二十一次会议6月30日表决通过了个税法修正案，将个税免征额由现行的2000元提高到3500元，适用超额累进税率为3%至45%，自2011年9月1日起实施。

工资收入不超过3500元的，不用交纳个人所得税。但下列情况，要交纳个人所得税：在两处以上取得工资收入的，合计超过3500元的；除工资收入外，还有其他应当缴纳个人所得税收入来源的（例如业余的劳务报酬所得、稿酬所得、财产转让所得、偶然所得等）。《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税：　　
一、工资、薪金所得;　　
二、个体工商户的生产、经营所得;　　
三、对企事业单位的承包经营、承租经营所得;　　
四、劳务报酬所得;　　
五、稿酬所得;　　
六、特许权使用费所得;　　
七、利息、股息、红利所得;　　
八、财产租赁所得;　　
九、财产转让所得;　　
十、偶然所得;　　
十一、经国务院财政部门确定征税的其他所得。第八条个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。