在自家屋顶上盖房子是违法的，还是必须强行拆除？

您好！需要根据当地具体的政策分析而定。从目前的状况来讲，我们认为，没有经过审批或者无证的房屋只要在两年内没有被查处，都不能轻易的认定为违章建筑，在拆迁的时候更是如此。
房屋拆迁补偿，应当由当地的拆迁部门公告补偿标准以及补偿方式。房屋拆迁补偿包括：房屋补偿与宅基地补偿。被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。有营业执照的门面房，个体户，经营用房应当按照商业用房性质补偿。
商业用房补偿比住宅用房要高很多，要补偿停产停业损失、装修费用、拆迁过渡费、安置等，应积极争取。如果补偿额过低或者补偿不合理，建议聘请专业拆迁维权律师通过要求政府信息公开、行政复议、行政诉讼、谈判、与央视等知名有影响力的媒体合作曝光等多种方式来维权。
由于拆迁存在巨大利益，因此各级政府层层截留，建议主动采取措施，斗争才能获得更多的补偿。根据我们专业拆迁征收律师多年的经验，一般主动斗争会比没斗争获得补偿更多，甚至翻番。
详情可来电来访。

违章建筑，已经超过了二年没有发现和处理的，行政机关即不能再按违章建筑进行处理。
如果现在要拆除，应得到一定的补偿。
法律链接：《国有土地上房屋征收与拆迁补偿条例》第十九条　对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。
被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见

强制拆迁是指被拆迁人或者房屋承租人在裁决规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋所在地的市、县人民政府责成有关部门强制拆迁(即行政强制拆迁)，或者由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。　　实施强制拆应当注意以下问题：　　
(1)未经行政裁决，不得实施强制拆迁。当事人达成拆迁补偿安置协议又反悔，在协议规定的期限内拒绝搬迁的，依照《城市房屋拆迁管理条例》第15条的规定处理;未达成协议，也未进行裁决的，不能实施强制拆迁。　　
(2)拆迁人未按裁决意见向被拆迁人提供补偿资金或者符合国家质量安全标准的安置用房、周转用房的，不得实施强制拆迁。　　
(3)房屋拆迁管理部门申请行政强制拆迁前，应当邀请有关管理部门、拆迁当事人代表以及具有社会公信力的代表等，对行政强制拆迁的依据、程序、补偿安置标准的测算依据等内容，进行听证。　　
(4)房屋拆迁管理部门申请行政强制拆迁，必须经领导班子集体讨论决定后，方可向政府提出行政强制拆迁申请。　　
(5)只有当地县(市)级人民政府才能作出强制拆迁的决定，并发出强制拆迁的命令与公告。具体事宜，可责成有关部门实施。