我是2007年5月份进的公司（合同两年，签合同时没太注意，上面约定“如果乙方，提前解除劳动合同，需要赔偿甲方3个月工资作为违约金。”）一直工作到2009年1月7日，我提前一个月提出辞职申请，到2月7日才算离开公司。我想问一下合同的那条约定是合法的吗？还有我提前一个月递交辞职申请，然后辞职，算违约吗？现在他们要扣我3个月的工资，我该怎么办？

辞职不会被扣工资，提前三十日书面提交辞职书即可，根据规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。用人单位以辞职为由扣工资可以到当地劳动监察大队投诉。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

如果劳动者是按照正常的辞职程序辞职的，辞职到期以后，用人单位应当足额支付其劳动报酬，并为劳动者办理离职手续和社保转移手续。　　
一、个人提出离职分三种情况：　　　　
1、用人单位存在《劳动合同法》38条的情况，你书面提出解除劳动关系后可以立即走人不需要用人单位的批准，并可以要求支付剩余的工资及经济补偿金（每工作1年支付1个月工资）及办理离职手续等；　　
2、依据《劳动合同法》37条，你提前30天提出的书面离职，不需要用人单位批准就可以离职。其中，试用期提前3天书面提出；用人单位有义务结清工资办理离职手续。　　
3、没有提前30天提出离职，用人单位也不存在《劳动合同法》38条的情况，你直接提交辞职信就走人，这个时候就是你违法了，给用人单位造成的直接经济损失、招聘你产生的费用，用人单位可以要求你承担。　　
二、你可以通过快递或挂号信邮寄给用人单位解除劳动关系的通知（也就是通俗说的辞职信、辞职报告），这样便于保留证据。用人单位不支付你工资或不为你办理离职手续，你可以通过申请劳动仲裁解决；　　　　
三、相关法律依据：《劳动合同法》
37、
38、
46、
47、50条！

劳动者个人原因辞职的，用人单位应当按照劳动者实际出勤的天数以及加班时间的多少来进行一定计算的，其月实际工资=月工资÷
21.75×实际出勤天数。工作日加班费的计算方式:月工资÷
21.75÷8×加班小时数×
1.5倍；双休日加班费的计算方式：月工资÷
21.75÷8×加班小时数×2倍；法定节假日加班费的计算方式：月工资÷
21.75÷8×加班小时数×3倍。
一、《劳动法》第四十四条　有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》
二、日工资、小时工资的折算　　按照《劳动法》第五十一条的规定，法定节假日用人单位应当依法支付工资，即折算日工资、小时工资时不剔除国家规定的11天法定节假日。据此，日工资、小时工资的折算为：　　日工资：月工资收入÷月计薪天数　　小时工资：月工资收入÷（月计薪天数×8小时）。　　月计薪天数＝（365天-104天）÷12月＝
21.75天。