老板说除非他离开，否则他不会辞职。我只工作一个月就从工资中扣除2000元合理吗？

提交辞职信是员工向单位表达了解除劳动合同的意向，而非单方面解除劳动合同的意思表示，因此单位有权不同意辞职申请。
如果是提前30天向单位发出了单方面解除劳动合同的通知书，即使单位领导不签字批准，也可以在30天以后离开原单位，单位不依法履行相关手续的话，可以提起劳动争议仲裁，也可以申请劳动保障监察，要求单位履行法定义务。

辞职不会被扣工资，提前三十日书面提交辞职书即可，根据规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。用人单位以辞职为由扣工资可以到当地劳动监察大队投诉。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

1、劳动者提出解除劳动合同（辞职）分三种情况： 一是，依据第三十七条的规定提出解除劳动合同，也就是提前30天通知用人单位，不用单位批准。但用人单位不承担经济补偿； 二是，依据第三十八条的规定提出解除劳动合同，不用提前30天，也不用批准，而且，用人单位还必须按照劳动合同法第十六条第四十七条的规定，支付每工作一年一个月工资的经济补偿金； 三是，劳动者没有任何依据违法解除劳动合同，用人单位不但不给经济补偿金，还可依据第九十条的规定，给单位造成损失的要承担赔偿责任。
2、所以，辞职要合法理由非常重要，只要理由合法任何用人单位都不能拒绝，当然，如果没有合法的理由，不但不能走，你就是走了，单位也会找你的麻烦，得不到补偿金不说，还会要你交违约金，不给你办离职手续，对你今后的就业会有麻烦。
3、辞职理由建议你参照劳动合同法第三十八条、劳动合同法实施条例第十八条规定的情形来提出，比如不签劳动合同、不按国家规定安排劳动时间、不按时足额支付劳动报酬、加班不给加班工资、不按时为劳动者建立国家法定的社会保险等。
4、你现在要做的是： 第一，尽快想办法要回你之前递交的辞职报告，我不知道你在辞职报告中写了什么，但辞职的原因很重要，如果写得不当即使仲裁也会对你不利，何况既得利益还会受到损失。 第二，重新写一份“解除劳动关系通知”，主要内容：（首先陈述上述辞职理由中的任何一条或两条），依据劳动合同法的有关规定，提出解除劳动关系，请用人单位依据劳动合同法的有关规定足额支付拖欠的工资，按劳动合同法第四十六条、第四十七条的规定支付经济补偿金和拖欠工资，并按劳动合同法第五十条的规定，及时办理离职手续。 第三，“通知”必须让单位签收，他不签就以挂号信或快递的方式送达，确保留下通知送达的证据。你就可以走人了。
5、按上述理由辞职，如果单位不按上述要求履行责任，不支付有关费用，你就直接到当地劳动行政部门申请劳动仲裁（不收费，不用律师），通过劳动仲裁下达的裁决书，向单位索赔，如果还不赔，可申请法院强制执行。