我在公司工作了两个月，上司突然到我办公室，说我有文件，要求我辞职。 我想让你填写离职手续，他们这样做合适吗

离职员工泄露商业秘密，若属于民事纠纷的，企业可以通过向人民法院提起民事诉讼，要求赔偿。
若泄露商业秘密，达到以下规定的条件的，那么涉嫌侵犯商业秘密罪，企业应向公安机关报案处理。
法律依据：《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定
（二）》
第七十三条　[侵犯商业秘密案（刑法第二百一十九条）]侵犯商业秘密，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）给商业秘密权利人造成损失数额在五十万元以上的；
（二）因侵犯商业秘密违法所得数额在五十万元以上的；
（三）致使商业秘密权利人破产的；
（四）其他给商业秘密权利人造成重大损失的情形。

辞职即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为。辞职一般有两种情形，一是依法立即解除劳动关系。如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求;二是根据职工自己的选择，提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同关系。
　　根据以往的劳动仲裁案例，员工这时需要注意两方面的事情：　　一方面，一定要以“书面”形式通知企业。　　用邮件的方式辞职是不行的，邮件通常没有证据的作用，且邮件保留在企业的服务器里，离职员工不容易提取证明。
　　员工这时需要书面形式的辞职信，在纸质的辞职信上，需要有员工亲笔签名，辞职信一般交给直接上级或企业的人力资源部。　　辞职信给了企业，员工怎么能证明自己已经按劳动法的要求，用“书面”形式通知企业了呢?员工这时能做的，只能是在递交书面辞职信的时候，跟企业要一个收到辞职信的回执。
　　如果这个不太容易办到，那只能用人证，人证在劳动仲裁的时候可能有用，在法庭通常效用不高，因为人证一般是企业的同事，法庭可以认为是利益相关者。　　另一方面，要办理工作交接。
　　按劳动法，员工虽然到30天的时候可以不再上班，但一定要办理工作交接。当然工作交接是企业安排的，如果企业不安排，也最好写一份工作交接清单，用书面的形式，对工作及自己工作时间的安排进行说明，递交给直接上级或人力资源部，一式两份，自己保留一份企业盖章或相关人员签字的。
　　不办理工作交接，企业可以暂扣工资，直到交接后再发放，一直不交接就一直不发。企业还可能会在员工转档案，转社保，开离职证明时，为难员工。虽然扣留档案与社保不符合劳动法规，可参考：辞职时要考虑的四个法律问题(点击打开)，但经常有企业这么做，打官司会导致离职成本的增加。
　　辞职时，作为员工把该做的事情做好，与企业保持协商与沟通的态度，大部分企业都会予以合法的对待。对于少数不守法的企业，员工只有用法律武器保护自己的正当权益了。

单位不办理离职手续，劳动者能否申请劳动仲裁？
可以的。一般来说，以下劳动争议属于劳动仲裁的受案范围：
1、因企业开除、除名、辞退职工和职工辞职、自动离职发生的争议；
2、因执行国家有关工资、保险、福利、培训、劳动保护的规定发生的争议；
3、因履行劳动合同发生的争议；
4、依照法律、法规规定应由劳动争议仲裁委员会受理的其他劳动争议。