私人公司，员工没有签订劳动协议合同，已经三个月了，而且无缘无故扣除工资，会怎么样呢？

公司应在你入职起一个内与你签订劳动合同，若没有跟你签订合同，应从你入职起第二个月支付你双倍工资。 公司没有买社保，你可以要求公司补交社保。 没有支付加班费，你有权要求公司支付。
若公司无合法理由辞退你，是违法解除劳动合同，应每工作一年支付2个月工资作为赔偿金。以你离职前12个月的平均工资计算工资标准。

若用人单位或者劳动者不签订劳动合同，则可按照下列法条处理：
《劳动合同法》第五条：自用工之日起一个月内，经用人单位书面通知后，劳动者不与用人单位订立书面劳动合同的，用人单位应当书面通知劳动者终止劳动关系，无需向劳动者支付经济补偿，但是应当依法向劳动者支付其实际工作时间的劳动报酬。
第六条：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当依照劳动合同法第八十二条的规定向劳动者每月支付两倍的工资，并与劳动者补订书面劳动合同；劳动者不与用人单位订立书面劳动合同的，用人单位应当书面通知劳动者终止劳动关系，并依照劳动合同法第四十七条的规定支付经济补偿。
前款规定的用人单位向劳动者每月支付两倍工资的起算时间为用工之日起满一个月的次日，截止时间为补订书面劳动合同的前一日。
第七条：用人单位自用工之日起满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，自用工之日起满一个月的次日至满一年的前一日应当依照劳动合同法第八十二条的规定向劳动者每月支付两倍的工资，并视为自用工之日起满一年的当日已经与劳动者订立无固定期限劳动合同，应当立即与劳动者补订书面劳动合同。

发放工资的当月，计算应交个人所得税。如果当月发放多次，应该合并计税，也就是第二次、第三次、第四次与前面首先合并计税，然后补差。个税不是计提的时候产生的，是发放的时候计算的。
因此即便计提的时候没有考虑到多次发放产生的税费，次月也必须按照税法申报。税法是不管你是否按月发放工资的，税法只关注每月发放的合计数是否符合申报纳税数。