房地产商付了农田款后，中后期配套设施企业扣除各类连接花费是不是与土地出让含的大市政工程配套费相反复

土地出让需要交纳的费用：

(一)、营业税及附加(出让方)：

1、按转让价与购置价的差价缴纳5%的营业税。

2、按缴纳的营业税缴纳7%的城建税和3%的教育费附加。

(二)、印花税和契税(双方)：

1、按产权转移书据(合同)所载金额缴纳
0.05%的印花税。

2、按成交价格(合同)缴纳3%的契税(有的地方是5%)。

(三)、土地增值税(出让方)：

1、按取得收入减除规定扣除项目金额后的增值额，缴纳土地增值税。

2、规定扣除项目：取得土地使用权所支付的金额;开发土地的成本、费用;与转让房地产有关的税金等。

3、税率的确定四档：增值额未超过扣除项目金额的50%的部分，税率为30%;增值额超过扣除项目金额的50%至100%的，税率为40%;增值额超过扣除项目金额的100%至200%的，税率为50%;增值额超过扣除项目金额200%的，税率为60%。

招标出让土地使用权的程序是：
（1）准备招标文件，如招标书、投标书、土地使用和规划条件等。
（2）发布招标公告。
（3）有意受让人办理竞标手续。
（4）政府确定中标人并签订出让合同。
（5）中标人按合同约定支付出让金并办、理土地登记手续。
拍卖土地使用权的程序是：
（1）准备拍卖文件。
（2）发布拍卖公告。
（3）有意受让人索取有关文件，办理竞投手续。
（4）在指定地点、时间竞投。
（5）签订出让合同。
（6）支付土地出让金，办理土地登记手续。

怎样计算房改房要缴纳的土地出让金？
土地出让金不是简单的地价。对于住宅等项目，采用招标、拍卖的方式，可通过市场定价，土地出让金就是地价。可是对于经济适用房、廉租房、配套房等项目，以及开发园区等工业项目，往往不是依靠完全的市场调节，土地出让金就带有税费的性质，是定价。
土地出让金又可分为地面价与楼面价两种计算方法，地面价为每平方米土地的单价，即以出让金总额除以土地总面积;楼面价为摊到每平方米建筑面积的地价，即以出让金总额除以规划允许建造的总建筑面积。投资者往往以楼面价来计算投资效益。因为地面价不能反映出土地成本的高低，只有把地价分摊到每平方建筑面积上去核算，才有可比性，也易于估算投资成本，进行估算投资效益。一般认为建高层可摊属地价，实际上并非如此。因为土地出让金是按建筑面积计收的。
土地出让金的支付方式，如果是外商投资或中资企业开发外销房的，要以外汇支付，如是中资企业开发内销房或外资企业开发内销房的，可以人民币支付。也有的实物支付的方式，如投资者得到一块土地，以建造一座立交桥、一条道路或一个停车库等建筑物来偿还地价。
相关知识延伸：购置房改房要交哪些税费
契税、印花税：按照商品房的契税和印花税标准交纳。
房改房需要交纳土地出让金：计算公式为，当年成本价×建筑面积×1%/。(名词解释：当年成本价——指的是该房产实际上市出售的当年，由政府颁布的房改房成本价，也就是“今年”的成本价)。如北京市市区目前(2007年)的房改房成本价为1560元/平米(部分郊区县有所下浮)，也就是说，成本价房改房的土地出让金实际上就是
15.60元/建筑平米;房改房在上市出售并且交纳土地出让金之后，其产权性质即等同于商品房产权了。
个人所得税：房改房的个人所得税计算方法与商品房相同，只是起算时间上，房改房是以该房产当初房改时，交纳房改价款(购房款)的实际交付时间为起算，需提供当时的缴款凭证作为计算依据，另外，在按照“(实际成交价格-原购买价格-合理费用)×20%”的标准计算时，房改房的原购买价格不是以房改时所交纳的款项为计算依据，而是统一核定为4000元/平米。
需要注意的是：
1、除了可以直接上市的成本价房改房以外，还存在有“优惠价”、“标准价”两类房改房类型，标准价和优惠价的房改房上市，需要先交纳部分款项变更为成本价房改房方可直接上市，优惠价、标准价补足成本价的计算公式为：当年成本价(1560元/平米)×建筑面积×6%，交纳该款项后就可以按照成本价房改房有关规定上市交易了。
2、流程与税费会因为产权性质、房产证签发时间等因素而有所不同。