被申请人和公司只签订了股权转让协议,但没有到工商局登记,股东名册没有改变。

这个要看有没有依法组织清算，
　　
1、依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；
　　
2、未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。
　　根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》
　　第六十四条 企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。

公司股权转让办理流程：
1、首先要与第三方(受让方)签订《股权转让协议》，约定股权转让价格、交接、债权债务、股权转让款的支付等事宜，转让方与受让方在《股权转让协议》上签字盖章。
2、需要另外的股东对您的股份转让给第三方放弃优先购买权，出具放弃优先购买权的承诺或证明。
3、需要召开老股东会议，经过老股东会表决同意，免去转让方的相关职务，表决比例和表决方式按照原来公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。
4、需要召开新股东会议，经过新股东会表决同意，任命新股东的相关职务，表决比例和表决方式按照公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。
讨论新的公司《章程》，通过后在新的公司《章程》上签字盖章。
5、需要找会计师事务所出具审计报告、评估报告或验资报告。
6、在上述文件签署后30日内，向公司注册地工商局提交《股权转让协议》、《股东会决议》、新的《公司章程》、审计报告等文件，由公司股东会指派的代表办理股权变更登记。
7、股权转让的债权债务一般由转让方与受让方在《股权转让协议》中进行详细约定。

一、召开公司股东大会，研究股权出售和收购股权的可行性，分析出售和收购股权的目的是否符合公司的战略发展，并对收购方的经济实力经营能力进行分析，严格按照公司法的规定程序进行操作，最终形成股东会决议。
二、聘请律师进行尽职调查：包括股权受让方的主体资格、经营情况和财务状况。
三、出让和受让双方进行实质性的协商和谈判。
四、
如系国有股权，企业须向上级主管部门提出股权转让申请，并经上级主管部门批准。
五、评估、验资(私营有限公司也可以协商确定股权转让价格)。
六、
出让的股权属于国有企业或国有独资有限公司的，需到国有资产办进行立项、确认，然后再到资产评估事务所进行评估。
其他类型企业可直接到会计事务所对变更后的资本进行验资。
七、
出让方召开职工大会或股东大会。
集体企业性质的企业需召开职工大会或职工代表大会，按《工会法》条例形成职代会决议。
有限公司性质的需召开股东(部分)大会，并形成股东大会决议，按照公司章程规定的程序和表决方法通过并形成书面的股东会决议。
八、
股权变动的公司需召开股东大会，并形成决议。
九、
出让方和受让方签定股权转让合同或股权转让协议。
十、
由产权交易中心审理合同及附件，并办理交割手续(私营有限公司可不需要)。