公司不休假，我们等三个月，然后再申请

您参考 如下法条 搜集证据 即可 劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知
二、用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
（一）工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；
（二）用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
（三）劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；
（四）考勤记录；
（五）其他劳动者的证言等。 其中，
（一）、
（三）、
（四）项的有关凭证由用人单位负举证责任。

单位不办理离职手续，劳动者能否申请劳动仲裁？
可以的。一般来说，以下劳动争议属于劳动仲裁的受案范围：
1、因企业开除、除名、辞退职工和职工辞职、自动离职发生的争议；
2、因执行国家有关工资、保险、福利、培训、劳动保护的规定发生的争议；
3、因履行劳动合同发生的争议；
4、依照法律、法规规定应由劳动争议仲裁委员会受理的其他劳动争议。

辞职即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为。辞职一般有两种情形，一是依法立即解除劳动关系。如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求;二是根据职工自己的选择，提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同关系。
　　根据以往的劳动仲裁案例，员工这时需要注意两方面的事情：　　一方面，一定要以“书面”形式通知企业。　　用邮件的方式辞职是不行的，邮件通常没有证据的作用，且邮件保留在企业的服务器里，离职员工不容易提取证明。
　　员工这时需要书面形式的辞职信，在纸质的辞职信上，需要有员工亲笔签名，辞职信一般交给直接上级或企业的人力资源部。　　辞职信给了企业，员工怎么能证明自己已经按劳动法的要求，用“书面”形式通知企业了呢?员工这时能做的，只能是在递交书面辞职信的时候，跟企业要一个收到辞职信的回执。
　　如果这个不太容易办到，那只能用人证，人证在劳动仲裁的时候可能有用，在法庭通常效用不高，因为人证一般是企业的同事，法庭可以认为是利益相关者。　　另一方面，要办理工作交接。
　　按劳动法，员工虽然到30天的时候可以不再上班，但一定要办理工作交接。当然工作交接是企业安排的，如果企业不安排，也最好写一份工作交接清单，用书面的形式，对工作及自己工作时间的安排进行说明，递交给直接上级或人力资源部，一式两份，自己保留一份企业盖章或相关人员签字的。
　　不办理工作交接，企业可以暂扣工资，直到交接后再发放，一直不交接就一直不发。企业还可能会在员工转档案，转社保，开离职证明时，为难员工。虽然扣留档案与社保不符合劳动法规，可参考：辞职时要考虑的四个法律问题(点击打开)，但经常有企业这么做，打官司会导致离职成本的增加。
　　辞职时，作为员工把该做的事情做好，与企业保持协商与沟通的态度，大部分企业都会予以合法的对待。对于少数不守法的企业，员工只有用法律武器保护自己的正当权益了。