机关事业单位按标准工资而并不是所有工资计算方法合理合法吗？

劳动者对用人单位的工资计算发生纠纷的，可以申请劳动仲裁。对于当事人申请劳动仲裁的，仲裁委员会在收到仲裁申诉书后，应在7日内决定是否受理，并将决定在7日内通知当事人。
被受理的争议案件，当事人应按时交纳仲裁费用，被诉人应在收到“应诉通知书”后15日内提交答辩书及有关证据。

基本工资，即劳动者所得工资额的基本组成部分。它由用人单位按照规定的工资标准支付，较之工资额的其他组成部分具有相对稳定性。具体来说，在企业中，基本工资是根据员工所在职位、能力、价值核定的薪资，这是员工工作稳定性的基础，是员工安全感的保证。
同一职位，可以根据其能力进行工资分不同等级。基本工资与全额工资的区别具体如下：　　劳动者的全额工资与基本工资的概念是用人单位与劳动者经常会遇到的两个概念。　　弄清这两个概念对于用人单位和劳动者都很重要。
因为计发劳动者的待遇，时常会用到这两个概念。例如：在解除劳动合同计发经济补偿金时，需要用劳动者全额工资的概念，而终止劳动合同计发生活补助费和女职工“三期”内计发工资时，需要用劳动者基本工资的概念。
如果不准确地理解这些概念，容易因此而发生劳动争议，对劳动关系双方都不利。　　根据国家统计局1990年1月1日颁发的《关于工资总额组成的规定》(1990年1月1日局令第1号)和《〈关于工资总额组成的规定〉若干具体范围的解释》，以及劳动部颁发的《工资支付暂行规定》(劳部发[1994]489号)和《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》(劳部发[1995]226号)的有关规定，劳动者的全额工资是指其每月所收入的基本工资(又称标准工资)与辅助工资(又称非标准工资)之总和，即实得工资。
劳动者基本工资是根据劳动合同约定或国家及企业规章制度规定的工资标准计算的工资。例如工资总额组成中的计时工资、计件工资就是基本工资。　　再具体些说，实行结构工资制的单位支付给职工的基础工资和职务(岗位)工资均属基本工资。
劳动者的辅助工资是指基本工资以外的各种工资。例如奖金、津贴和补贴、加班加点工资、附加工资、保留工资等等。需要说明的一点是，工资总额一般是用人单位在从事统计、缴费等劳动工资工作中常用的一个概念。
与劳动者的全额工资(或称实得工资)、基本工资等概念有联系，但不是一回事。在理解劳动者全额工资等概念时，常常也会联系到工资总额的概念。

基本工资是指职工在法定工作时间内完成工作任务或劳动定额时企业必须支付的基本劳动报酬。 基本工资的构成包括除奖金、加班加点工资以及特殊劳动补偿性津贴(如夜班津贴、高温、低温下、有毒有害津贴、流动施工津贴等)外的一切工资报酬。