虽然劳动者入狱单位可以除名，但该劳动者是在该单位工伤且丧失了劳动能力,该怎么处理啊？

需要具体情况具体分析。比如，企业员工工伤处理流程是怎样的？企业员工发生工伤事故的，因为是为工作发生伤害，所以这时候肯定不是员工个人的事，要结合企业进行具体的处理，并且有规定明确的处理流程。
　　职工发生工伤，首先是抢救治疗，保证生活。然后是进行工伤认定，确定是否属于工伤范围。再后是鉴定伤残等级，作为计发待遇的依据。企业员工工伤处理流程如下：

　　
一、事故伤害发生后，单位主管及同事应协助受伤害员工于第一时间内送往社会保险定点医院救治，伤情危急的可先送就近医院抢救。

　　
二、单位主管需提出报告，详述事故发生经过，具体应包括时间﹑地点、人物﹑事情等，送人事单位留存。

　　
三、人事单位应检附相关数据向社保部门书面提出工伤认定申请，并依规定申请医疗补助。

　　
四、工伤认定申请的相关数据如下，需请单位主管和受伤员工配合提供。

　　
１、工伤认定申请表（社保局领取）

　　
２、工伤员工的身份证复印件

　　
３、工伤员工的初次诊疗记录原件及复印作（可为疾病诊断证明书或门诊病历）

　　
４、工伤员工的劳动关系证明原件及复印件（可为劳动合同或入职档案）和受伤当月的考勤记录（受伤时间为每月１日的需提供上月考勤记录）

　　
５、见证人的证人证言（２人）和证人工作证复印件，证言需证人签名并按指模。

　　
五、劳动能力鉴定。

　　工伤职工医疗终结后，由单位陪同受伤员工备齐以下资料到长安社保局开具《劳动能力鉴定通知书》，每周五（东莞谷涌医院）在社保局一楼设点做劳动能力鉴定。

因为旷工被解除劳动合同单位不一定要出除名的文件，但是一定要出具解除劳动关系证明通知书以及为劳动者办理离职手续。
　　《中华人民共和国劳动合同法》
　　第五十条 用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
　　劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
　　用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
　　
1、劳动者需要按《离职员工交接手续表》《工作交接明细表》和《物品交接单》内容依次交接，财务部结清借款后，经交接双方和部门领导签字确认后，交接工作方视为完成。
　　
2、工资中涉及保险，人力资源部同财务部办理保险清算，进行保险减员手续。
　　
3、人力资源部统计其本月考勤，报上级领导批示，到工资结算日发放劳动者的工资。
　　
4、人力资源部办理劳动合同终止手续并给劳动者开出《解除劳动合同证明》，《解除劳动合同证明》是劳动者到下一个新单位需要的，只要是正规大单位，一般都会要求出具的，有备无患。

依据《工伤保险条例》
第十四条　职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：
（一）在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；
（二）工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；
（三）在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；
（四）患职业病的；
（五）因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；
（六）在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；
（七）法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。
第十五条　职工有下列情形之一的，视同工伤：
（一）在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的；
（二）在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害的；
（三）职工原在军队服役，因战、因公负伤致残，已取得革命伤残军人证，到用人单位后旧伤复发的。
职工有前款第
（一）项、第
（二）项情形的，按照本条例的有关规定享受工伤保险待遇；职工有前款第
（三）项情形的，按照本条例的有关规定享受除一次性伤残补助金以外的工伤保险待遇。
第十六条　职工符合本条例第十四条、第十五条的规定，但是有下列情形之一的，不得认定为工伤或者视同工伤：
（一）故意犯罪的；
（二）醉酒或者吸毒的；
（三）自残或者自杀的。