三天缺勤，自动离职，扣除月工资。

旷工不得扣发工资。公司扣发工资的规定无效。
旷工是违反单位规章制度的行为，可以给予处分（如警告、通报等），情节严重，多次旷工的，用人单位可以依法解除劳动合同。但劳动法没有授权用人单位对员工进行处罚的权利。
《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

劳动者旷工通常属于严重违反用人单位的劳动纪律，用人单位可以按照《劳动合同法》第39条的规定，合法解除劳动合同关系，不需要支付经济补偿金，但是需要支付其已经付出劳动的合法工资。　　用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。　　《劳动合同法》　　第四条　用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。　　用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。　　在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。　　用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。　　第三十九条　劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：　　
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；　　
（二）严重违反用人单位的规章制度的；　　
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；　　
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；　　
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；　　
（六）被依法追究刑事责任的。

劳动法和劳动合同法都没有对旷工行为如何处理的规定，只是规定对员工违反企业规章制度的违纪行为企业有权做出相应的处理，单位的规章制度要经过民主程序进行公示，而且必须是合法有效并且已经送达给员工的，这样才有效。规章制度对旷工行为概念和发生旷工有明确规定的，按具体的处理规定结合员工的实际旷工行为进行处理。
关于违约金和罚金的问题，首先从2008年1月1日后除了培训费和竞业禁止或给单位造成直接经济损失外员工不承担其他违约责任。还有罚金的问题首先针对旷工当日的工资单位依法不予发放，但是额外扣的罚款就没有依据了。
所以综上所述，单位有权决定扣款标准，但是那个旷工每天算三天，额外扣20%是不合法的，只能对旷工当日的工资不予发放，除此之外的扣罚就是没有法律依据的。