公司下属某部门设立产权代理协议合法吗？

你好，根据司法解释，股权代持协议只要不违反法律的强制性规定，都是有效的。相关法律规定有： 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定
（三）》第二十五条：“有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。 前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。 实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。” 《合同法》第五十二条:“有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。”

有限责任公司内部股权转让程序如下：　　
(1)根据我国《公司法》第72条的规定，有限责任公司股东超过半数表决通过后，股权方可转让。股东会讨论股权转让时。不同意转让的股东应当按照同等条件购买该股权，不同意转让又不同意购买，视为同意转让;股东之间相互转让股权时，不需经过股东会表决同意，只需股东之间协商并通知公司及其他股东即可。　　
(2)转让双方签订股权转让协议。协议中应对转让股权的数额、价格、程序、双方的权利和义务作出具体规定，使其作为有效的法律文书来约束双方的转让行为，股权转让合同应当遵守《合同法》的一般规定。　　
(3)收回原股东的出资证明书，发给新股东出资证明书，对公司股东名册进行变更登记，注销原股东名册，将新股东的姓名或名称、住所地段受让的出资额记载于股东名册，并相应修改公司章程但出资证明书作为公司对股东履行出资义务和享有股权的证明，只是股东对抗公司的证明，并不足以产生对外公示的效力。　　
(4)将新修改的公司章程、股东及其出资变更等向工商行政管理部门进行工商变更登记，至此，有限责任公司股权转让的法定程序才告完成。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满30日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。 有限责任公司变更登记应提交的文件、证件：?
1、《企业变更（改制）登记（备案）申请书》。请根据不同变更事项填妥相应内容）；
2、《指定（委托）书》；
3、《企业法人营业执照》正、副本；
4、变更下列事项的，还需要提交以下文件、证件： 股东转让股权：
（1）股东会决议（股东之间转让全部或部分股权的可不提交决议）；
（2）股权转让协议；
（3）涉及本市国有产权转让的，应提交北京产权交易所有限公司出具的《产权交易凭证》；涉及中央国有产权转让的，应提交中央企业国有产权交易试点机构出具的《产权交易凭证》；涉及外埠国有产权转让的，可依据国有产权属地政府有关规定，提交规定的产权交易机构出具的产权转让交割文件或国有资产管理部门出具的产权转让批准文件；
（4）股东发生变化的应提交新股东的资格证明。