公司提交的增值税专用发票(有效期内提交)因其他原因不能扣除，公司向本人承担税率，从个人申报表中减去相应的税率是合理的吗？

公司要开具增值税发票，首先要去税局申请发票，申请完成后，装好税盘就可以开票了。
纳税人在领取税务登记证件后，应向主管税务机关提出领购发票申请，同时提供经办人身份证明、税务登记证件或者其他有关证明，以及财务印章或者发票专用章的印模。
主管税务机关在对纳税人的领购发票申请及有关证件审核后，发给《发票领购簿》。纳税人凭《发票领购簿》上核准的发票种类、数量以及购票方式，向主管税务机关领购发票。
对不需要办理税务登记临时需要使用发票的纳税人,可以直接向税务机关申请领购，或者向税务机关申请代开发票,即需要发票时，可以凭发生购销业务，提供接受服务或者其他经营活动的书面证明直接到税务机关申请开具。
对税法规定应当缴纳税款的，税务机关在开具发票的同时征税。

有效发货票应当注明产品商标及型号、销售日期、销售者印章、金额等内容。　　
1、在销售商品、提供服务以及从事其他经营活动对外收取款项时，应向付款方开具发票。特殊情况下，由付款方向收款方开具发票;　　
2、开具发票应当按照规定的时限、顺序、逐栏、全部联次一次性如实开具，并加盖单位发票专用章;　　
3.使用计算机开具发票，须经国税机关批准，并使用国税机关统一监制的机外发票，并要求开具后的存根联按顺序号装订成册;　　
4.发票限于领购的单位和个人在本市、县范围内使用，跨出市县范围的，应当使用经营地的发票;　　
5.开具发票单位和个人的税务登记内容发生变化时，应相应办理发票和发票领购簿的变更手续;注销税务登记前，应当缴销发票领购簿和发票;　　
6.所有单位和从事生产、经营的个人，在购买商品、接受服务，以及从事其他经营活动支付款项时，向收款方取得发票，不得要求变更品名和金额;　　
7.对不符合规定的发票，不得作为报销凭证，任何单位和个人有权拒收;　　
8.发票应在有效期内使用，过期应当作废。　　增值税专用发票　　纳税人有下列行为不得开具增值税专用发票：向消费者个人销售货物或者应税劳务的;销售货物或者应税劳务适用免税规定的;小规模纳税人销售货物或者应税劳务的;销售报关出口的货物;在境外销售应税劳务;将货物用于非应税项目;将货物用于集体福利和个人福利;将货物无偿赠送他人;提供非应税劳务转让无形资产或销售不动产。向小规模纳税人销售应税项目可以不开具专用发票。