我结婚四年了，有一个两岁的儿子，他已经分居近两年了。他现在正在起诉。谁会是孩子？

感情不和分居两年认定：
两个必须要件是：
1、因感情不和；
2、分居满两年的。
“因感情不和分居满两年”的“两年”时间的计算方式：
一、从提出离婚的夫妻二人共同认可的最后一次同居的第二天起计算，到提出离婚诉讼（向人民法院递交诉讼状）的当天止；
二、分居时间应连续计算满两年。如果分居后又同居，应从同居后又分居的时间重新计算，前面的分居时间终止，也就是说，分居的时间应当连续计算，不应把前后几次分居的时间累计计算。
关于分居两年的证明，如果对方认可最好。如果对方不认可，可以找证人，或是提出一切能够证明分居两年的事实就行。当然也可以由法庭调查查明。

您参考 如下法条 中华人民共和国婚姻法 第三十六条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。 　　离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。
　　离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。 　　第三十七条 离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成时，由人民法院判决。
　　关于子女生活费和教育费的协议或判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或判决原定数额的合理要求。 　　第三十八条 离婚后，不直接抚养子女的父或母，有探望子女的权利，另一方有协助的义务。
　　行使探望权利的方式、时间由当事人协议；协议不成时，由人民法院判决。 　　父或母探望子女，不利于子女身心健康的，由人民法院依法中止探望的权利；中止的事由消失后，应当恢复探望的权利。
　　第三十九条 离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成时，由人民法院根据财产的具体情况，照顾子女和女方权益的原则判决。 　　夫或妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
　　第四十条 夫妻书面约定婚姻关系存续期间所得的财产归各自所有，一方因抚育子女、照料老人、协助另一方工作等付出较多义务的，离婚时有权向另一方请求补偿，另一方应当予以补偿。
　　第四十一条 离婚时，原为夫妻共同生活所负的债务，应当共同偿还。共同财产不足清偿的，或财产归各自所有的，由双方协议清偿；协议不成时，由人民法院判决。 　　第四十二条 离婚时，如一方生活困难，另一方应从其住房等个人财产中给予适当帮助。
具体办法由双方协议；协议不成时，由人民法院判决。

涉外离婚后子女的抚养问题，应适用我国法律，按照我国婚姻法有关规定的精神，从切实保护子女权益，有利于子女身心健康成长出发，结合双方的具体情况进行处理。处理时，对有识别能力的子女，要事先征求并尊重其本人愿随父或母生活的意见。
另外，两周岁以下的子女一般随母亲生活为原则。两岁以上的父母可以协商轮流抚养。