公司申请破产但股东不同意时，需要根据具体情况具体分析。
根据《企业破产法》相关规定可知，企业破产可以由债务企业自行提出，也可以由债权人提出。
根据最高人民法院《关于审理企业破产案件若干问题的规定》第五条规定，国有企业向人民法院申请破产时，应当提交其上级主管部门同意其破产的文件；其他企业应当提供其开办人或者股东会议决定企业破产的文件。
因此，依据公司法规定，有限责任公司申请破产的股东会决议，应当经过代表２／３以上表决权的股东通过，而股份有限公司申请破产的股东会决议，应当经过出席会议的股东所持表决权的２／３以上通过。如果是一人有限公司，由于公司的性质决定其只有一个股东，因此该股东不同意申请破产时则无法自行申请破产。
当然在债务企业存在到期债务，出现严重资不抵债、丧失清偿能力的情况下，债权人申请该债务企业破产，则无须经过债务企业股东同意。
《公司法》第四十三条
股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
《企业破产法》第七十条
债务人或者债权人可以依照本法规定，直接向人民法院申请对债务人进行重整。
债权人申请对债务人进行破产清算的，在人民法院受理破产申请后、宣告债务人破产前，债务人或者出资额占债务人注册资本十分之一以上的出资人，可以向人民法院申请重整。
《公司法》第一百零三条
股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
