包工头拖欠农民工工资的，农民工首先可以和包工头协商或向有关组织申请调解，若当事人不愿协商调解或协商调解不成的，依据我国劳动争议调解仲裁法的规定，农民工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁维护自己的合法利益。若对仲裁机构的裁决不服的，可以在法律规定的时间内向人民法院起诉。
根据《劳动争议调解仲裁法》第五条规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
