公司不允许员工自己申请辞职后，继续发放工资，但是如果你在实习期没有提前三天通知用人单位或者在转正后没有提前三十日以书面的形式通知用人单位，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
根据《劳动合同法》第三十七条劳动者提前通知解除劳动合同
劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第九十条劳动者的赔偿责任
劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条
劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
《中华人民共和国劳动合同法》第九十条
劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
