证据认定标准不同导致的合同纠纷应当双方协议处理，双方可以协议约定委托一家有资质的证据认定机构进行认定；如果协议不成的，合同有约定仲裁条款的，可以向合同约定的仲裁委申请仲裁；还可以向人民法院起诉，请求人民法院判决。
根据2021年生效的《中华人民共和国民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《中华人民共和国民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
