运输合同中确定货物损失的规定为：合同如果对此有约定，则遵从合同约定。如果没有签订补充协议确定货物损失计算方法，那么按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。
根据2021年生效的《民法典》第八百三十三条的规定，货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。
《民法典》第八百三十三条
货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。
