刑事档案不能消除，除非是误判的刑事案件就可以申请上报撤销。
根据相关法律规定应当撤销案件：
1.没有犯罪事实的；
2.情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
3.犯罪已过追诉时效期限的；
4.经特赦令免除刑罚的；
5.犯罪嫌疑人死亡的；
6.其他依法不追究刑事责任的。
根据《公安机关出具有无违法犯罪记录证明工作规定》第一百八十三条规定
经过侦查，发现有下列情形之一的，应当撤销案件：
（一）没有犯罪事实的；
（二）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（三）犯罪已过追诉时效期限的；
（四）经特赦令免除刑罚的；
（五）犯罪嫌疑人死亡的。
《公安机关出具有无违法犯罪记录证明工作规定》第一百八十三条
经过侦查，发现具有下列情形之一的，应当撤销案件；
（一）没有犯罪事实的；
（二）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（三）犯罪已过追诉时效期限的；
（四）经特赦令免除刑罚的；
（五）犯罪嫌疑人死亡的；
（六）其他依法不追究刑事责任的。对于经过侦查，发现有犯罪事实需要追究刑事责任，但不是被立案侦查的犯罪嫌疑人实施的，或者共同犯罪案件中部分犯罪嫌疑人不够刑事处罚的，应当对有关犯罪嫌疑人终止侦查，并对该案件继续侦查。
