一般情况下，因交通事故住院新农合是不会报销的，只能是由肇事者负责赔。依据规定，应当由第三人负担的医疗费用，不纳入基本医疗保险基金支付范围。
《中华人民共和国社会保险法》第三十条规定，下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
《中华人民共和国社会保险法》第三十条
下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
