确定股权转让合同纠纷案件的管辖具体规则为：在签订了管辖协议的情形下，以约定为准。
如果没有管辖协议，则被告住所地人民法院和股权转让合同履行地人民法院，都具有管辖权。
根据《民事诉讼法》第二十三条的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
第三十四条规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
《民事诉讼法》第二十三条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
《民事诉讼法》第三十四条
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
