补充协议与原合同通常会有冲突，补充协议是对原合同的补充或者变更，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，一般以补充协议为准。但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
根据2021年实施的《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
