农村自建房要办理房屋土地使用权证。
《土地管理法实施条例》第四条第二款规定，农村集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政管理部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
根据《不动产登记暂行条例》第十五条的规定，当事人或者其代理人应当向不动产登记机构申请不动产登记。
不动产登记机构将申请登记事项记载于不动产登记簿前，申请人可以撤回登记申请。
《土地管理法实施条例》第四条第二款
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
《不动产登记暂行条例》第十五条
当事人或者其代理人应当向不动产登记机构申请不动产登记。
不动产登记机构将申请登记事项记载于不动产登记簿前，申请人可以撤回登记申请。
