办理农村宅基地使用证流程如下：
1、向宅基地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出办证申请；
2、提交身份证明、登记原因证明等材料；
3、对提交的材料进行审核；
4、符合规定的，核发宅基地使用证。
根据《土地管理法实施条例》第四条第二款的规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
《土地管理法实施条例》第四条第二款
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
