农村房屋土地使用权证办理流程如下：
1、向村委会提出建房申请；
2、征得村委会同意并盖章；
3、村委会上报至乡镇国土资源管理所；
4、工作人员现场丈量；
5、审核通过后发证。
根据《土地管理法实施条例》第四条第二款的规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
《土地管理法实施条例》第四条第二款
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
